El 22 de diciembre de 1997, un grupo paramilitar asesinó en la localidad chiapaneca de Acteal (municipio de Chenalhó) a varios centenares de campesinos, en una zona cercana a la dominada por los zapatistas. El presidente Zedillo aceleró el proceso negociador con los guerrilleros y destituyó al ministro del Interior (Emilio Chuayffet), al tiempo que se procedía a la persecución y detención de los criminales, así como al cercamiento del cuartel general zapatista en la selva Lacandona a principios de enero de 1998 por parte del Ejército mexicano, sin obtener la captura del subcomandante Marcos.
El 2 de abril de 1998 resultó arrestado el general Julio César Santiago Díaz bajo la acusación de complicidad en la matanza de Acteal, toda vez que su destacamento se inhibió de socorrer a los atacados. Dos meses más tarde, el obispo Samuel Ruiz García abandonó su mediación entre el gobierno de Zedillo y los zapatistas después de acusar a aquél de perseguir su actividad conciliadora. Asimismo, la Comisión Nacional de Intermediación presidida por Ruiz se disolvió de inmediato. De otro lado, a mediados de ese mismo mes de junio murieron nueve personas en un choque entre las fuerzas de seguridad y miembros del EZLN en El Bosque, concretamente en el municipio de San Juan de la Libertad, que había sido instituido por los zapatistas en diciembre de 1994 y que estaba siendo desmantelado por el Ejército mexicano en el momento del combate.
El proceso de paz en Chiapas se reanudó, dos años después de su interrupción, el 20 de noviembre de 1998. Tanto el Congreso mexicano como el EZLN abrieron en San Cristóbal de las Casas nuevas negociaciones a través de la Comisión de Concordia y Pacificación (Cocopa), compuesta por 18 delegados de los principales partidos y 29 miembros de la guerrilla. Tres días más tarde, las conversaciones fueron abandonadas por los zapatistas sin haberse logrado avance alguno.
